La Secretaría Académica es el área encargada de planear, organizar y coordinar las funciones de docencia de los Cuerpos Académicos y cuerpos colegiados, la actualización pertinente de los planes de estudio y el currículo universitario, además de dar seguimiento a los procesos de acreditación de los programas educativos.

A esta Secretaría también compete la gestión de estímulos al desempeño docente, los procesos administrativos de titulación y obtención de grados académicos, además de ser la responsable de organizar las sesiones del H. Consejo Universitario y dar seguimiento a los acuerdos de ahí emanados. Las actividades anteriores se llevan a cabo atendiendo a los lineamientos planteados en los objetivos del Sistema Institucional de Gestión de la Calidad. Desde el año 2007, esta área funciona bajo los criterios del Sistema de Gestión de la Calidad.